В год Всеобщего летоисчисления 0079 Земная Федерация и Княжество Зеон сражались по разные стороны беспощадной Войны за независимость. В ходе одной из стычек печально известный пилот Зеона Чар Азнабль сумел проникнуть на вражескую базу и похитить прототип мобильного доспеха под названием «Гандам». С помощью этого мощного оружия Чар помог своим союзникам одержать решающую победу. Однако из-за странного происшествия, связанного с передовыми технологиями «Гандама», Чар бесследно исчезает вместе со своим фирменным красным мобильным доспехом. Шесть лет спустя очаги войны всё ещё тлеют то тут, то там. Юная Аматэ Юдзуриха «Мачу» Юдзуриха живёт с матерью на тихой космической колонии. Пока её одноклассники изнуряют себя подготовкой к экзаменам, Мачу мечтает о более яркой жизни. Её желание исполняется, когда на колонию совершает аварийную посадку «Гандам QuuuuuuX» — новейший мобильный доспех, которым управлял отряд солдат Зеона. Мачу обнаруживает, что обладает природным талантом к управлению этой машиной, и использует её, чтобы отбиваться от сил Федерации. В этом ей помогает загадочный Сюдзи Ито, пилотирующий «Гандам», удивительно похожий на тот, которым когда-то владел пропавший без вести Чар. Мачу и не подозревает, что за её схваткой наблюдает группа фанатов мобильных доспехов, устраивающих соревновательные бои в парах. В погоне за острыми ощущениями и настоящей человеческой связью Мачу объединяется с Сюдзи и втягивается в череду всё более ожесточённых клановых сражений, за которыми, кажется, скрывается куда более масштабный конфликт.